コード
library(palmerpenguins)
penguins付録 B. データセット
B.1 南極大陸に生育するペンギンの大きさについての観測データ
B.2 令和2年度 学校保健統計調査 都道府県別の身長・体重の平均値及び標準偏差
e-Statで公開されているファイルをRで処理しました。
コード
if (file.exists("data-raw/令和2年度_学校保健統計調査_都道府県別_身長と体重_5歳.csv") == FALSE) {
download.file("https://www.e-stat.go.jp/stat-search/file-download?statInfId=000032108465&fileKind=0",
destfile = "data-raw/r2_hoken_tokei_05.xls")
df_hoken_toukei <-
readxl::read_xls("data-raw/r2_hoken_tokei_05.xls",
sheet = 1,
range = "B8:J55",
col_names = c("区分",
paste("男",
c(paste("身長",
c("平均値", "標準偏差"),
sep = "_"),
paste("体重",
c("平均値", "標準偏差"),
sep = "_")),
sep = "_"),
paste("女",
c(paste("身長",
c("平均値", "標準偏差"),
sep = "_"),
paste("体重",
c("平均値", "標準偏差"),
sep = "_")),
sep = "_"))) |>
dplyr::mutate(区分 = stringr::str_squish(区分) |>
stringr::str_remove_all("[:space:]")) |>
dplyr::filter(区分 != "全国") |>
dplyr::arrange(dplyr::desc(男_身長_平均値))
df_hoken_toukei |>
readr::write_csv("data-raw/令和2年度_学校保健統計調査_都道府県別_身長と体重_5歳.csv")
} else {
df_hoken_toukei <-
readr::read_csv("data-raw/令和2年度_学校保健統計調査_都道府県別_身長と体重_5歳.csv",
col_types = "cdddddddd")
}df_hoken_toukeiB.3 とくしま動物園で飼育される動物の体の大きさと体重
- 名称: 動物データ
コード
if (!file.exists("data-raw/tokushima_zoo_animals22.csv")) {
library(dplyr)
library(rvest)
url <-
"https://www.city.tokushima.tokushima.jp/zoo/gallery/ichiran.html"
x <-
read_html(url)
# 2016-04-01
x |>
html_element(css = '#main > div.h1bg > div.update.clearfix > p') |>
html_text()
animals <-
x |>
html_elements(css = '#main > div.main_inner > div > p > span') |>
html_text() %>%
ensurer::ensure(length(.) == 22)
# リスザルはリスザル属の総称
# ポニーは肩までの高さが147cm以下の馬の総称
df_zoo <-
tibble::tibble(
taxon = c("食肉類", "鳥類", "食肉類", "鳥類", "霊長類",
"霊長類", "霊長類", "食肉類", "齧歯類", "食肉類",
"鳥類", "偶蹄類", "食肉類", "食肉類", "鳥類",
"食肉類", "霊長類", "鳥類", "鯨偶蹄類", "奇蹄類",
"齧歯類", "鯨偶蹄類"),
name = animals,
body_length_cm = c(63.5, 100, 64, 110, 85,
66, 80, 168, 134, 250,
130, 175, 31, NA_real_, 1.2,
250, 35, 69, NA_real_, NA_real_,
40, NA_real_),
weight_kg = c(6, 3.5, 5.4, 6.5, 60,
10, 20, 80, 66, 225,
# ホッキョクグマは平均体重のうち最大値を採用
9, 220, 0.9, 30.3, 15,
410, 1.1, 6, 140, NA_real_,
1.5, NA_real_)) %>%
assertr::verify(dim(.) == c(22, 4))
df_zoo |>
readr::write_csv("data-raw/tokushima_zoo_animals22.csv")
} else {
df_zoo <-
readr::read_csv("data-raw/tokushima_zoo_animals22.csv",
col_types = "ccdd")
}とくしま動物園で飼育される 22種の動物（2016年4月1日時点の情報）について体の大きさ（体長 cm）と体重（kg）をデータセット化したものです。 体長と体重については各動物のWikipediaのページを参照して記録しています。 原則として、各種の体長および体重の最大値を記録しています。 適当な値の記載がなかった項目については欠損値を与えています。
df_zooこのデータは GitHubリポジトリに保存してあります。
https://github.com/uribo/tokupon_ds/blob/main/data-raw/tokushima_zoo_animals22.csv
B.4 とくしま動物園で飼育される動物の保全状況と生息地
- 名称: 動物保全状況データ
コード
library(magrittr)
df_zoo_name <-
tibble::tibble(
name = c("レッサーパンダ", "ホオジロカンムリヅル",
"コツメカワウソ", "カナダガン", "チンパンジー",
"シシオザル", "マントヒヒ", "ピューマ", "カピバラ",
"ライオン", "アフリカハゲコウ", "シロオリックス",
"ミーアキャット", "シンリンオオカミ", "アンデスコンドル",
"ホッキョクグマ", "リスザル", "フンボルトペンギン",
"ラマ", "ポニー", "モルモット", "ヒツジ"),
scientific_name = c("Ailurus fulgens", "Balearica regulorum",
"Aonyx cinerea", "Branta canadensis", "Pan troglodytes",
"Macaca silenus", "Papio hamadryas", "Puma concolor",
"Hydrochoerus hydrochaeris", "Panthera leo",
"Leptoptilos crumeniferus", "Oryx dammah", "Suricata suricatta",
"Canis lupus", "Vultur gryphus",
"Ursus maritimus", NA_character_, "Spheniscus humboldti",
"Lama glama", NA_character_,
"Cavia porcellus", "Ovis aries")) |>
dplyr::mutate(link = paste0("https://ja.wikipedia.org/wiki/",
dplyr::recode(name,
`アンデスコンドル` = "コンドル",
`ラマ` = "リャマ"))) %>%
dplyr::filter(!is.na(scientific_name)) %>%
assertr::verify(dim(.) == c(20, 3))
if (file.exists("data-raw/tokushima_zoo_animals_conservation_status.rds") == FALSE) {
library(rredlist)
animal_scname <-
df_zoo_name |>
purrr::pluck("scientific_name")
if (file.exists("data-raw/redlist_search_raw.rds") == FALSE) {
result_red_list_search <-
animal_scname |>
purrr::map_dfr(
~ tibble::as_tibble(purrr::pluck(rredlist::rl_search(name = .x),
"result")))
result_red_list_search |>
readr::write_rds("data-raw/redlist_search_raw.rds")
} else {
result_red_list_search <-
readr::read_rds("data-raw/redlist_search_raw.rds")
}
if (file.exists("data-raw/redlist_occ_country_raw.rds") == FALSE) {
result_red_list_occ <-
animal_scname |>
purrr::set_names(animal_scname) |>
purrr::map_dfr(~ tibble::as_tibble(purrr::pluck(rredlist::rl_occ_country(name = .x),
"result")),
.id = "scientific_name")
result_red_list_occ |>
readr::write_rds("data-raw/redlist_occ_country_raw.rds")
} else {
result_red_list_occ <-
readr::read_rds("data-raw/redlist_occ_country_raw.rds")
}
result_red_list_occ <-
result_red_list_occ |>
dplyr::select(!c(distribution_code)) |>
tidyr::nest(occ = c(code, country, presence, origin))
df_red_list_information <-
result_red_list_search |>
dplyr::select(
taxonid,
scientific_name,
main_common_name,
category,
population_trend,
tidyselect::ends_with("_system"),
tidyselect::starts_with("elevation_"),
tidyselect::starts_with("depth_")) |>
tidyr::nest(ecosystem = tidyselect::ends_with("_system"),
limitation = c(tidyselect::ends_with("upper"), tidyselect::ends_with("lower"))) |>
dplyr::left_join(result_red_list_occ, by = "scientific_name")
df_zoo_conservation <-
df_zoo_name |>
dplyr::select(!link) |>
dplyr::left_join(df_red_list_information, by = "scientific_name") %>%
assertr::verify(dim(.) == c(20, 9))
df_zoo_conservation |>
readr::write_rds("data-raw/tokushima_zoo_animals_conservation_status.rds")
} else {
df_zoo_conservation <-
readr::read_rds("data-raw/tokushima_zoo_animals_conservation_status.rds")
}動物データのうち、生物種名（学名）が判別可能な20種についての生息地とその保全状況を 示すデータセットです。国際自然保護連合(IUCN)が指定するIUCNレッドリストからデータを取得しています。
df_zoo_conservation